Pewnego deszczowego wieczoru 7 listopada 1939 roku, kilku funkcjonariuszy Gestapo przyszło do skromnej siedziby przy włocławskiej ulicy Piusa XI, zwaną przez Niemców Lilienstrasse. Po otrzymaniu przez biskupa Michała Kozala oświadczenia, że poprzednie aresztowania księży były pomyłką nikt z duchownych nie domyślił się, co znaczą te zapewnienia. Pomimo wszystko, sufragan domyślał się, że jako dostojnik kościelny musiał prędzej czy później zostać uwięziony. Miał on już wcześniej przygotowaną walizeczkę z_niezbędnymi rzeczami na wypadek aresztowania. Gospodyni biskupa włożyła nieco żywności do skromnego bagażu i_był już on gotowy do wyjazdu – wyjazdu bez powrotu, niestety.

Michał Kozal spodziewał się, jak wyglądać będą jego późniejsze losy. Przypomniał sobie – zupełnie jak tuż przed dramatycznym zatonięciem – całą swoją przeszłość w_przyspieszonym tempie. Naukę w szkole realnej, coroczne świadectwo najlepszych wyników i pracowitości, wystawiane jemu – cichemu, zamkniętemu w sobie, ale pilnemu Polakowi przez niemieckich, pedantycznych i uprzedzonych dyrektorów; aktywne życie religijne, udział w tajnych organizacjach, nauczających języka polskiego, później odkrycie w_sobie powołania do stanu duchownego, rzetelna edukacja w Seminarium Duchownym oraz nauczanie innych kleryków. W każdym z tych etapów jego główną towarzyszką była modlitwa. Jednak biskup nie tracił opanowania i świadomości biskupiej. Kiedy aresztujący go oficer nagle urągliwie i ironicznie położył mu rękę na ramieniu, Kozal swoją czystą niemiecczyzną stwierdził w spokoju, że dopiero w więzieniu będą mogli z nim robić, co im się żywnie podoba.

Stamtąd wywieziono go wraz z całą kolumną innych duchownych do kaplicy więziennej, a_następnie w starym, pocysterskim klasztorze w miejscowości Ląd. Przebywał tam wraz z_innymi ponad 10 miesięcy, a towarzyszyły im ciągłe szykany ze strony Niemców – hałasowanie, walenie w drzwi, przeszkadzanie w modlitwie. Pomimo tego, organizowano nabożeństwa i liczna grupa kleryków i profesorów zdecydowała się na kontynuację zajęć seminaryjnych.

W czasie pobytu w tamtym miejscu nad Wartą Kozal był nie tylko organizatorem wszelkich działań kościelnych, ale także przywódcą duchowym wszystkich więźniów. Wielokrotnie podkreślał oddanie Bogu i decyzję, że sam dobrowolnie stamtąd nie wyjedzie: „Bo jak nie ulękłem się bomb i pocisków, a potem innych rzeczy, tak i teraz dobrowolnie nie pójdę. W_ręce Boże złożyłem losy swojego życia i z tym bardzo mi dobrze.”

Na początku września 1940 roku Gestapo wywiozło większość uwięzionych księży do obozu koncentracyjnego. Pozostał tylko biskup oraz siedmiu kapłanów i jeden diakon. Klasztor zajęło wojsko, a pozostała w nim dziewiątka stała się wyjątkowo złośliwych przedmiotem drwin żołnierzy. Pewnego grudniowego dnia, z powodu wyczerpania psychicznego zmarła jedna z pozostawionych tam osób – ksiądz Broniarczyk. Obrzędom żałobnym przewodniczył Kozal. Żyli tam pogrążeniu w smutku i żalu aż do pamiętnej nocy 3 kwietnia 1941. Wtedy to wywleczono ich z łóżek do niemieckich wozów w kolorze ciemnej zieleni i wyjechano w_nieznanym kierunku. Oni jednak wiedzieli, gdzie są kierowani – w stronę śmierci.
Po kilku godzinach przybyli do obozu w Inowrocławiu. Tam, schodząc z ciężarówki, biskup odniósł po raz pierwszy poważne obrażenia z powodu szczególnie dotkliwego pobicia (powodem była jego piuska). Nazajutrz uwięzionych wywołano kolejno na „krwawe przesłuchania”. Kozala komendant ranił wyjątkowo ciężko i zabrał mu krzyż, pierścień biskupi i piuskę. Kazał mu też śpiewać niemieckie piosenki, biegając i czołgając się w błocie.

W nocy z Wielkiej Środy na Wielki Czwartek przeniesiono duchownego do Poznania, a_następnie do Berlina, Halle, Weimaru i Norymbergii. 25 kwietnia przybyto do ostatniego miejsca pobytu biskupa Kozala, Dachau. Był to najstarszy niemiecki obóz koncentracyjny, zbudowany jeszcze w 1933 roku, na wzór którego tworzono inne. Szkolono tam przyszłych morderców Żydów, Słowian i wszelkich przeciwników hitleryzmu – kadry SS-manów dla innych „fabryk śmierci”. Z tej „szkoły okrucieństwa” wyszli późniejsi komendanci Oświęcimia, Schwarzhuber i Sachsenhausen, skazani w procesie zbrodniarzy faszystowskich po II Wojnie Światowej.

Początkowo obóz ten był przeznaczony dla „niewygodnych” obywateli Niemiec. Więziono tam wiele tysięcy ludzi kilkudziesięciu narodowości, których skład społeczny był niezwykle zróżnicowany, od prostych robotników i chłopów, przez urzędników, nauczycieli i lekarzy, bo wykształconych artystów, oficerów, dyplomatów i biskupów.

Biskup już na wstępie został „przywitany” biciem, szyderstwem i drwiną. Później przeprowadzono zwyczajowe formalności: fotografia, kontrola medyczna i strzyżenie oraz końcowo odebranie rzeczy osobistych i przebranie w obozowy pasiak. Po tym wszystkim, Michał Kozal został zaprowadzony do bloku 28, tracąc swoją tożsamość i stając się numerem 24544.

Po trzech dniach więźniów zwołano na przemówienie jednego z zastępców komendanta: „Społeczeństwo niemieckie wyparło się was, postawiło was poza nawiasem życia. Jesteście w Dachau, gdzie najmłodszy rekrut będzie waszym przełożonym i to jemu musicie oddawać honory wojskowe. Jesteście w Dachau – skąd się nie wychodzi.” Polski tłumacz, Jan Domagała, ostatnie zdanie przetłumaczył: „ Jesteście w Dachau, skąd można wyjść. Trzymać się” Te słowa otuchy nie miały żadnego znaczenia dla Kozala, który doskonale znał język niemiecki i w całości zrozumiał tą mowę.

Obozowa rzeczywistość była szokująca: codzienne „usługiwanie przy stołach Niemców” – bieganie z 80-kilogramowymi kotłami z jedzeniem na odległość 600m, ścielenie łóżek na kształt prostopadłościanu i perfekcyjne polerowanie sztućców pod groźbą pobicia, czołganie się w błocie, długodystansowe marsze, śpiewanie niemieckich pieśni pochwalnych. Nie wywoływało to jednak u Polaków jakiegokolwiek zatracenia godności osobistej czy narodowej. Gdy pewnego dnia odbył się tak zwany „apel pokusy”, który był obietnicą uzyskania licznych przywilejów w zamian za podpisanie się na listę narodowości niemieckiej, żaden z księży nie zdecydował się na zapisanie swojego nazwiska. Jednak pewnego dnia spotkała Kozala ogromna radość. 13 sierpnia 1941 roku, w drugą rocznicę święceń biskupich więźniowie wyprosili u władz możliwość odprawienia przez duchownego Mszy świętej. Wywołało to u biskupa bardzo pozytywne zdziwienie – mógł po raz pierwszy od czasu pobytu w Lądzie odprawić Mszę. Niestety, była ona ostatnią Mszą w życiu Michała Kozala. Zadowolenie udzieliło się również współwięźniom, a nawet nieprzyjemnemu zwykle sztubowemu, który ofiarował mu w czasie obiadu dodatkową porcję jedzenia. Biskup, znany ze swojej ofiarności, jak zawsze przekazał ją jednemu z_alumnów.

Po kilku miesiącach rozpoczął się okres szczególnego dręczenia duchownych polskich. Kozal, jako biskup (o czym wiedzieli wszyscy dowodzący w Dachau) był szczególnie sadystycznie traktowany. Każdego dnia ciężko raniono go, szydzono i obrzucano obraźliwymi wyzwiskami i obelgami. Przy pracach, często wyciągano go z szeregu, by dać mu cięższą taczkę lub większy kilof. Pomimo to, biskup Kozal nigdy nie denerwował się, nie złorzeczył ani tym bardziej nie skarżył się na swoją niedolę. Zawsze zachowywał spokój i_milczenie, a nawet uśmiech, co jeszcze bardziej rozwścieczało dręczycieli. Oprócz tego szczególnie uciążliwy i upokarzający był obowiązek wystawania przy bramie obozu w czasie różnych delegacji. Istniał taki zwyczaj, że przy odwiedzinach wysokiej rangi urzędników czy dziennikarzy, przedstawiano czterech najważniejszych więźniów jako „osobliwości obozu”, wśród których zawsze był biskup. Ludzi tych oglądano niczym zwierzęta w ogrodzie zoologicznym i zadawano różnorakie pytania, na które zawsze musieli odpowiadać pozytywnie. Ogromną troską Kozala był też los kapłanów, za których czuł się szczególnie odpowiedzialny. Niezwykle cierpiał na widok bitych i poniewieranych księży, nieraz wstawiał się za nimi u blokowych, a zawsze w modlitwie. Biskup bynajmniej nie zaprzestał ciągłych refleksji i rozmów z Bogiem podczas pobytu w Dachau. Dawały mu one wielki potencjał wewnętrznego opanowania i siły. Swoje cierpienia traktował jako ofiarę za Kościół i_Ojczyznę. Nigdy nie unikał krytycznych sytuacji, był ze swoim losem w pełni pogodzony. W_obozie często mawiał do swoich wychowanków: „Pamiętacie nasze piątkowe drogi krzyżowe. Tam wam przewodziłem w sutannie, w komży i stule. Dziś tu przewodniczę wam w pasiaku. To cała różnica. Trzeba byśmy to specjalnie przeżyli. Bóg ma specjalne zamiary.” Słowa te w pełni oddają jego stosunek do tego, co spotkał na swej życiowej drodze. Traktował ten obóz jako drogę krzyżową, współudział w męce Chrystusa.

Po wielu miesiącach również jego droga powoli zaczęła dobiegać końca. Na skutek licznych uderzeń kijem w głowę na w styczniu 1943 roku rozwinęło się zapalenie ucha wewnętrznego. Poza tym ogólne wycieńczenie organizmu również było ogromne. Nie pomagały już opatrunki robione przez współwięźniów, a do żadnych leków nie było dostępu. Rozpowszechniła się też epidemia tyfusu. Ciężko chorego, chwilami tracącego przytomność biskupa opieką otoczyli najbliżsi kapłani. Ksiądz Adrzyński, ojciec duchowny Seminarium w_Gnieźnie, wyspowiadał go i udzielił wiatyku. Wtedy dotarła do więźniów nowina o klęsce stalingradzkiej. Podzielili się tą wiadomością z Kozalem, który odrzekł na to: „Jutrzenka wolności świta już. Nie jestem wam potrzebny.” Wkrótce też omdlał i odniesiono go do rewiru obozowego, skąd nie wrócił. Niektórzy świadkowie tamtej sceny twierdzili, że podano tam biskupowi śmiertelny zastrzyk. Choć wiadomo, że wielu pielęgniarzy z_obozowej izby chorych uśmiercało więzionych zastrzykami z fenolu czy benzyny, nie da się jednoznacznie określić czy było tak też w przypadku biskupa Kozala.

Wielu towarzyszy biskupa z obozu zadawało sobie pytanie, czy Stolica Apostolska wiedziała o więzieniu Kozala. Dziś wiadomo już, że Watykan był świadom tego faktu i dokładał wszelkich starań, aby wydostać go z Dachau. Strona niemiecka odpowiedziała: „prowadził aktywną politykę antyniemiecką, co jest wyraźnym powodem, aby go umieścić w obozie koncentracyjnym.”

Pamięć o biskupie sufraganie Michale Kozalu wciąż jest żywa. Jego męczeństwo, oddanie Bogu i złożenie ofiary z życia uwiecznia fakt beatyfikacji w 1964 i ogłoszenia go patronem Włocławka. Jego wstawiennictwu przypisywane są liczne łaski, między innymi cudowne uzdrowienia poważnie chorych. Wciąż jego kult szerzą potomkowie wychowanków i_współwięźniów biskupa, nie tylko w Polsce, ale i w Europie, zwłaszcza w Austrii. Również literaturze jest on często wspominany. Zaraz po wojnie ukazały się liczne artykuły z_relacjami towarzyszy Kozala z Dachau. Na uwagę zasługuje książka P. Lentza „Christus In Dachau”. Od lat 50. można zauważyć wyraźny wzrost historiografii Sługi Bożego.

Michał Kozal był człowiekiem pobożnym, pracowitym i niezwykle ambitnym. Jego odwaga, godność, altruizm i przede wszystkim ogromna ufność w stosunku do Boga są godne podziwu i naśladowania. Cechowała go refleksyjna osobowość, był zafascynowany ideami ascetyzmu, męczeństwa i ofiary. Już od czasów studiów starał się realizować je we własnym życiu, a postawa ta ostatecznie zarysowała się wraz z wkroczeniem do Polski okupanta. Nie liczyły się dla niego dobra doczesne, ale te naprawdę wartościowe i wieczne. Obyśmy my, w_dzisiejszym świecie bezwzględności, obojętności i pogoni za dobrami materialnymi również umieli dostrzec to, co jest naprawdę ważne.